Nel 1999, le scuole medie Maffei, Muttoni e Mainardi erano unite in un unico istituto.

Dall’a.s. 2000/2001 la Scuola diventa Istituto Comprensivo n° 6 "F. Muttoni" e comprende, oltre alla Scuola Secondaria di primo grado "F. Muttoni" sede centrale sita in via Massaria, 62, la scuola dell'infanzia "L. Lattes" sita in via Fasolo, 28 e la scuola primaria "G. Zanella" sita in Contrà Porta Padova, 63.

Dall’a.s. 2001/2002 la Scuola diventa Istituto Comprensivo n° 6 F.Muttoni si aggiunge la scuola primaria Riello sita in via Riello,59

Dall'analisi dei bisogni sono state individuate specificità e obiettivi che costituiscono il progetto pedagogico e culturale dell'istituto riportate nel Piano dell'Offerta Formativa dell'istituto.

 L'Istituto Comprensivo "F.Muttoni" di Vicenza offre progetti di apprendimento in orario scolastico ed extrascolastico, che consentono agli studenti di scoprire il mondo dell'istruzione e di sviluppare le proprie capacità culturali. Favorisce la conoscenza di sé e degli altri, promuovendo la relazione e la collaborazione.

Gli istituti IC n°6 F.Muttoni e IC n°7 Mainardi si accorpano diventando IC 6-7 di Vicenza